連作加劇了病害
受到利益、環境等因素的影響，人們很難完全避免連作，由此便破壞了棚室土壤中的營養平衡，導致土壤惡化，積聚的病原菌越來越多，像根腐病、枯萎病等病害迅速增加，使產量下降，影響收成。
管理跟不上病害加重的速度
多數種植戶都採取多種蔬菜混種的方式，勞動量大，管理難度大，導致病害混合交叉，種植戶對病害的管理無法達到防治目標，化學藥劑的過量使用導致病害加劇，不僅增加了成本，也影響無公害生產目標。
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氮肥的過量撒施破壞土壤平衡
一直以來，我國菜農都沿襲經驗施肥，導致農家肥的數量嚴重超標，連續多年的過量施肥破壞了土壤平衡，導致蔬菜品質降低，影響無公害蔬菜的生產。
有害氣體的威脅加重
棚室栽培中會產生氨氣與二氧化碳，尤其是施肥的深度不夠會導致大量的氨氣產生，從試驗數據來看，如果棚室內的氨氣含量達到5mg/L，會傷害到葉片與生長點而一次性撒施的氮肥量過大的話會使蔬菜產生生理障礙，導致植株枯萎，阻礙蔬菜生長，降低蔬菜的整體品質。
低溫產生的影響
溫度對棚室蔬菜的重要性毋庸置疑，一旦光照與溫度分佈不均，則會產生較大的晝夜溫差，導致冷風人侵，植株受到低溫影響，出現黃花、葉枯等病害，大部分蔬菜成為無頭株，品質下降。
棚室蔬菜種植結構不合理
從當前棚室蔬菜的種植情況來看，種類單一，以黃瓜、豆角等常見蔬菜為主，但人們的生活質量在不斷提高，人們對蔬菜種類的要求在不斷提高，對無公害蔬菜的要求也在提高，相比之下，東北菜市場的品種單一，很多特殊品種較少，沒有形成規模種植，不利於市場供應，影響農民的經濟收入。
過度採用高劑量農藥
不可否認，隨著研究技術的發展，農藥的效果更加明顯，提高了蔬菜生產量，但是由於農藥使用不當，越來越多的高毒、高殘留農藥開始出現，導致生產出的蔬菜危害人們的健康，破壞生態平衡，型至使人與牲畜中毒。
