在你的皮膚上、嘴裡、肺部、陰道、體內有黏液的地方、尤其是結腸（大腸）裡，有1.36公斤左右，非常微小的有益細菌和微生物，總稱為微生物體（microbiome）。作為寄主，你有責任餵養它們。
以適合的食物作為交換，它們可以幫助你對抗疾病和某些症狀，以維持你的健康，像是克隆氏症（Crohn's，一種發炎腸道疾病，是全層腸壁發炎的慢性疾病）、乳糜瀉（celiac，小腸發炎，腸內膜受傷的疾病）、腸躁症、潰瘍性結腸炎、甚至是酵母菌感染。
一個健康的腸胃會有大量的這些細菌，但是當你吃了抗生素殺死壞菌，許多好菌也會一併被消滅，必須把它們補充回來。你的確可以用糞便移植，真的是把富含好菌的他人糞便，移植到你的結腸裡。
你也可以吃益生菌來補充，然而最好的方法，還是去吃適合的食物，包括益生菌（由健康的細菌組成）和益菌生（為已經存在的益生菌提供食物）兩者。而挑戰是，同時要吃益生菌、益菌生，還要保持低碳水化合物，這是很容易遇到的難題。
以下介紹有用的食物清單：
希臘優格、克菲爾乳酪（kefir cheese，含有多種益生菌與酵母的健康乳酪）及任何硬質乳酪，包括充滿細菌的藍紋乳酪、未經高溫殺菌的德國酸泡菜和醃漬食品、康普茶（kombucha tea，含糖的紅茶、白茶等茶類，混和細菌和酵母共同發酵而成）、韓式泡菜，以及味噌湯，都是含益生菌的食物。
克菲爾飲品一定會有益生菌，因為它經過發酵，不過以飲食控制來說，它的碳水化合物含量仍然太高。味噌是以黃豆製成的，不過味噌已經過發酵，比較健康。所以假如有需要，就吃吧。
益菌生可以餵養好菌，含有益菌生的食物，包括植物的根部和塊莖，但碳水化合物含量往往太高；深綠色葉菜也含有益菌生，而且它們的含醣量很低（假如要在番薯和瑞士甜菜之間選擇，就選瑞士甜菜）。
存在結腸裡的細菌會藉著發酵來分解食物，它們就是這樣「吃」食物的，就像牛在牠的瘤胃裡發酵食物，還有馬在牠的盲腸裡發酵食物。而經由發酵來消化食物時，會產生一種副產品，就是脂肪酸，可以作為能量來源。
別用抗生素來「以防萬一」，也不要動不動就用抗生素。抗生素會廣泛撒網，同時殺死壞菌和好菌，所以假設你已經使用太多抗生素，就要用好的食物給腸胃營養，使它恢復健康，這一點尤其重要。採用這種方式，並且維持低碳水化合物，簡單輕鬆。
