承造海軍獵雷艦案的慶富造船爆發財務危機，牽扯出在獵雷艦聯貸案中涉嫌詐貸，並且進一步遭質疑軍方在招標審查時是否失當的爭議，甚至媒體和立委還將全案指向馬政府任內是否有高層官員涉及介入施壓聯貸案。行政院在11月2日公布調查報告，針對聯貸案方面，副院長施俊吉批評主辦的第一銀行根本是任由慶富從金庫搬錢。在獵雷艦的招標方面，行政院也指出軍方五大缺失，包括：沒有確保慶富相當的財力足以承辦、也沒確保慶富的履約能力；評選會議在正副召集人都缺席的情況下卻仍然開會；也沒有先進行價格協商程序就直接抽籤決定最有利標廠商；在第二次評選會時，對於各委員的評分異常不合理也沒有釐清處理。政務委員羅秉成指出，國防部讓外界造成是否偏袒慶富的印象。羅秉成：『在這個案子，國防部的採購流程難免會讓社會上有個觀感和公平性疑慮，就「是不是偏袒慶富、一路放寬？」那我們現在蒐集的資料，在判斷上有行政疏失而應該懲處，但是不是稱為一個弊案？這部分應該進行司法調查。』
獵雷艦案出問題，引發外界擔憂國艦國造的前景，畢竟連相對小噸位、並非主戰艦艇的獵雷艦都出現弊端，接下來更大型的兩棲登陸艦、巡防艦甚至蔡政府視為國艦國造指標的潛艦，又該怎麼辦？國政基金會高級助理研究員揭仲指出，獵雷艦雖然噸位不大，但本身的載台設計到戰鬥系統其實相當精密複雜，全案涵蓋多項系統、高度整合採購、履約期程長，主合約商除了需要具備造船、系統整合能力和財務高度穩定之外，更重要的是需要專案管理能力。揭仲解釋，所謂專案管理能力，必須先掌握作戰部隊的需求，進而根據技術層次、財務、籌獲來源等因素，研擬出合理的方案與進度。揭仲：『要先選出一個合理的方案後，接著要規劃如何獲得？獲得過程中有多少要靠研發？有多少要採購？這就要衡量時間因素、國內造船廠能量的因素、預算的因素、這些都要做好妥善的安排，可是大家比較容易忽略。』
揭仲指出，如何把巨額經費用在該用的地方，並且發揮期望的效果，關鍵就在於專案管理，然而海軍雖然在1980年代借著推動忠義、光華等重大造艦計畫培養出一批專案管理方面人才，但拉法葉案、德國獵雷艦案和尹清楓命案之後，不但軍方不再敢推動具前瞻性的建軍造艦計畫，這些專案管理人員也因涉案或離開軍中而導致出現人才斷層。揭仲：『整體等於是流失掉，後來因為執行「海星計畫」就是美國要賣8艘柴電潛艦，我們相對成立一些單位，然後「博勝案」，國防部和海軍才逐漸又培養一些具備專案管理能力的人員，但人數還是不夠、能量基本上還是不足....其實像這次獵雷艦的過程中，尤其後續在慶富得標簽約後所發生的這一連串問題，國防部等於是變得非常被動，某種程度其實也可看出來也許國防部、海軍自己在專案管理的能力不足....所以即便後續的大船都交給台船造，國防部身為一個業主，自己本身有沒有足夠的能力處理專案管理的問題？』
揭仲並指出，在這次獵雷艦案也凸顯出國內造船業界的規模相差太過懸殊，台船之外的中小型船廠又缺乏整合的環境問題。其次，就是軍方是否具備足夠的評選能力？揭仲：『不同評審委員之間的評選結果有很明顯的落差，而且這種狀況不是第一次產生，之前光六飛彈快艇的時候其實就已經出現過這種情形....所以在執行最有利標的時候，國內有沒有這個相關的評選能力？行政調查報告甚至指出：國防部自己的內部委員...只有2個而已，國防部檢討發現自己沒有合乎資格的人來做這個事情，要從其他領域去找。所以可以發現在負責把關的審查評選小組階段，我們可能就出現技術能力不足的情形....如果按照海軍在2016年宣布的11項建軍計畫總金額4700億，其中包括各種主戰艦艇，那會比獵雷艦的案子更大、更複雜，需要更高的專案管理能力，資格標的技術評選會更複雜，國內是否已經準備好？這個問題如果不解決，再立意良好的案子，在執行過程中都很容易碰到問題。這個未必是人謀不臧，但絕對反映出在評選的能量方面是有問題、是不足的。』
隨著科技發展，軍事武器研發採購的特性之一，就是技術門檻高、研發期程長、投資金額高，連帶使得過程中存在各種風險，如何整合、掌握期程和成本，都是挑戰。揭仲舉例，包括美國近期的多項武器採購也出現研發經費不斷高漲的情況，例如F-35隱形戰機的研發經費已經從2000億美元飆漲到4000億，甚至還可能再追加！反觀國內軍方到底有沒有足夠的專案管理能力？揭仲指出，國內要推動國艦國造、國機國造、帶動國內相關產業，就必須要有合理而長遠的規畫，而且不是甚麼東西都要自己搞定。揭仲：『要做國防產業，必須要選對標的物，要考量技術能力、成本狀況，還有特別重要的是銷售的狀況、回收的狀況，才有可能長久....軍艦的話，遠比飛機適合，因為飛機即便是教練機、更別講戰鬥機，現在的技術、成本都非常高，所以必須選擇國內可以負擔的。』
獵雷艦案因為承造船廠「小孩玩大車」而出包，就算不棄標「砍掉重練」，交艦期程也勢必延後，然而在政治人物噴口水輕易將全案導向打擊政敵和搏版面之餘，其中暴露的評選監督專業、專案管理能力、國內相關產業規模與體質問題，甚至武器國造的投資與前景，才是真正攸關國防根基的嚴肅問題。
