遠東航空可能因為財務惡化，出現諸多怪現象，遠航持續使用平均20年機齡的老飛機，曾被空服員揭露機艙工作環境真相，包括機艙老舊漏水，臨時用膠帶修補，甚至因為空調不佳，多次途中發生旅客不適和組員中暑等離譜狀況，民航局嚴厲要求提高維修頻率，經常都有一架進棚維修不能飛。
更誇張的是，今年9月，遠航無故取消127個航班，比率高達12%，遠遠超過取消率不得超過3%的上限，種種違規的行為，就是為了把每天各航班的旅客集中輸運，以減少開支，甚至因為頻繁拆裝發動機，因為儀器校準不及，大砍航班。
甚至還多次發生民航局尚未核定包機，遠航就搶先賣票，以增加現金收入的離譜行徑，令交通部官員非常頭痛，交通部雖多次想祭出重罰，但又擔心遠航體質不佳，可能無法承受太鉅額的處罰。
之前復興航空停飛已讓離島航班捉襟見肘，復興停飛事件才剛滿一年，萬一國內航線市占29%的遠航再出現跳票或無預警停飛，恐會對離島航班造成嚴重衝擊，因此，民航局在處理上猶豫不決，目前僅能敦促華信航空加速採購9架ATR，希望趕在遠航出狀況前填補航線缺口。
