首先兩者都是同宗同源，有區別則在原創部分，而03版作為原創的代表作品受到了廣大粉絲的一致認可，後來還出了後續的劇場版，同樣非常成功。加上劇本的創作都有牛姨的參與和徵詢，所以在大部分粉絲的心中已經認定了這個結局，從而不關注漫畫，直到09版的出現，劇情上有了一些偏差，就開始分成了03動畫黨，漫畫黨，09動畫黨爭論了起來，但爭論的題目最多的就是人物的設定和結局和劇情。那麼我們來分析一下他們的區別
先說劇情
03版開始就加入了原創人物和劇情，這為之後的劇情走向做了鋪墊，當然這是後話我們接著說。雖然加入了原創人物和劇情但是對整體的劇情走向形像不大，所以就和漫畫沒有區別，這也是後來09版弱化了一部分劇情的原因。隨著故事的發現到了最開始遇見古力德（七罪中的貪婪）劇情的走向開始有了變化。有說是因為當時動畫公司沒錢再繼續作下去而當時又恰好在連載所以原創了後面的劇情，也有說是當時漫畫走向不明所以開始製作原創劇情。（具體並沒有求證過所以不確定那個是真正原因）在徵詢了牛姨後面劇情的發展走向後編劇原創了03版的劇情和結局。總結來說03劇情傾向於“罪”的體現
09版因為有03版的成功在前所以弱化了一部分劇情和人設專注了後半部分有區分的劇情，而後面的劇情也幾乎是漫畫劇情，包括結局。總結來說09版劇情更貼合漫畫傾向在“罪”之上的“救贖”。
接下來回到正題“人物”
問題說兩個版本的愛德華有什麼區別，我覺得單單講愛德可能並不會看出什麼，那麼就對主要人物的兩個版本做一下對比。
愛德華
整個故事的主角，正義感爆棚的天才煉金術師，任性不講道理，但是又每每都能引領身邊的人走下去，03版的愛德停留在了嘗“罪”的階段，說的通俗點他對自己所犯下的錯誤或者罪孽付出了應有的報應。尤其是由艾爾利克兄弟煉成的“母親”卻成了“怠惰”而自己的手腳又在另一個“憤怒”的身上的時候更是加深了艾爾利克兄弟的罪痕，就像無時無刻不在提示兄弟倆所犯下的罪孽，最後阿爾方斯雖然換回了身體卻失去了哥哥的記憶雖然後來恢復了但也是在劇場版，這都是愛德自身嚐到了自己的“罪”所帶來的一切，並默默的贖罪。雖然劇場版兄弟團聚也同樣失去了過去的一切。09版的愛德性格上沒有任何區別，只是在長久的旅行中逐漸的成長成熟，最終完成了自己的“救贖”之路，得到了自己最大的幸福，愛德聽到霍因海姆的話，挖出了當年自己和弟弟煉成的“母親”後，打了個電話告訴了泉老師和阿爾的時候他倆的心中就得到了最大的“救贖”泉老師說“太好了，我沒有殺死我自己的孩子兩次。”阿爾說“太好了，不是我殺死的母親”其實整個劇情中束縛著愛德也是故事中最大的一個準則就是煉金術和等價交換選擇，雖然在結尾愛德用自己的的真理換回了弟弟阿爾方斯，失去的煉金術的能力，但是根深蒂固的思想仍然體現在最後在登上火車前對溫蒂的表白中。愛德說“我用我一半的人生給你，所以你也給我一半。這就算等價交換了。”溫蒂一愣說“真是個笨蛋，用什麼一半換一半，全都給你好了！ ”直到這個時候愛德才恍然說“你真的好厲害，真理就這麼被你輕易的打破了。”也就是說愛德一直到這時候才得到了真正的“救贖”從常年被煉金術，真理和“罪”之中解放出來得到了真正的幸福。這就是兩個版本的愛德最大的區別
阿爾方斯
我覺得這是03版和09版變化最大的角色。03版中阿爾從開始到最後都是個孩子，他有孩子一切真摯的情感，可以為自己的至親付出任何代價甚至生命。09版的阿爾在看到真理後逐漸成熟了起來，到後來他會自己去做判斷自己獨擋一面，自己面對最強的人造人“傲慢”同樣也是“罪”和“救贖”
溫蒂
和朋友討論的時候說這個角色是最沒有存在意義的角色，換任何一個人都可以勝任，但我不這麼認為03版確實有一些弱化，但是她是整個故事中唯一沒有“罪”的人，我覺得她是為了“救贖”愛德的存在，她堅強，包容，有思想。在愛德的人生中成了必不可少的存在，只要有她在愛德就會得到幸福。
霍因海姆，馬斯坦古大佐，等等一眾人物都是在“獲罪”和“救贖”的道路上，包括人造人，每個的死都是在救贖自己的罪。因為形式幾乎同樣所以不一一介紹有興趣的可以討論。
03版寓意深刻，留下的想像空間更多，但人物刻畫只在前期層面，而且結局轉折很快，當然這些都是客觀原因，也要承認03版是成功的做出了原創劇情的典範。09版劇情更完整，人物性格成長和轉變更完整。兩者並不衝突，更不用糾結，因為兩個版本根本就沒有衝突的地方，雖然結局有出入，但是可以從系列看出沒有本質區別。所以不算南轅北轍，也就是仁者見仁智者見智了。
