中研院院士、東華大學前校長吳茂昆內定教育部長，過往爭議隨即遭外界起底，除了在大陸多所大學擔任講座之外，還曾擔任大陸國務院下中科院顧問，情況比兼課還要嚴重。
台北市前市長郝龍斌辦公室主任游淑慧指出，中國科學院簡稱中科院，於1949年11月在北京成立，是中華人民共和國科學技術方面的「最高學術機構」，直接隸屬國務院。
至於台灣的中山科學研究院，也簡稱中科院（CSIST），為中華民國國防科技研發機構， 屬於國防部監督之行政法人。
她嘲諷吳茂昆，難道本來是準備應邀擔任「中山科學研究院」的顧問，結果星際迷航跑到「中國科學院」嗎？還是如內政部長葉俊榮所說是「仰慕」其為國際學者，然後未經徵詢就自掛「吳茂昆」為顧問？
游質疑，大陸中科院是類似台灣中研院位階的機構，而且還是直接隸屬在大陸國務院下，官方色彩濃厚，吳茂昆能擔任其顧問，這比到一般大學去兼職講課更嚴重。
她引用對岸中科院高能物理研究所網頁一篇「實用化高溫超導材料產學研合作」成立的貼文，甚至把吳茂昆與大陸學者，一起併列為「來自國內10餘家相關單位的30餘位專家」，看到這樣的介紹，曾經支持過「一邊一國」的吳茂昆，是否知情？
游淑慧質疑，看看內文中介紹，這個合作組顧問是要固定開會，「聽取」各項目組工作進展報告，「協調」合作單位間各項事宜...都有具體的業務了。這還不算「兼職」？還是一樣是在「做功德」？
