新任教育部長吳茂昆當年遭監院指出溢領講座教授獎助金一事，在遭提起，當年提出調查報告的監委王美玉受訪表示，因為當初吳茂昆認為他沒有主觀上犯意，所以他們沒有提出彈劾。
監察院2014年12月11日通過監委王美玉、陳慶財調查報告認為，國立東華大學校長吳茂昆為該校講座教授，依該校講座設置辦法支領獎助金或研究經費，但並未履行該辦法所定的的講座教授授課義務，又違反辦法不得領取相同性質補助相關規定，所為的確不恰當，也有疏失。教育部應積極督促該校檢討改進，並歸還溢領款項，議處疏失人員。
不過，對於監察院調查報告，吳茂昆當年曾回應，針對溢領部分，「我必須說明，東華大學是在100年12月聘我為講座教授，聘期為101年1月23日到104年1月22日止，每月領取講座教授獎助金5萬元，而我是101年2月1日才正式就任校長，因此受聘講座教授絕對不是我上任後，所謂以校長職權之便，為自己加薪自肥的舉措」。
對此，當年提出調查報告的王美玉表示，吳茂昆當時不管是支領講座教授或頂尖人才計畫經費，監院認為有重複支領的問題。後來，東華大學解釋他是諾貝爾級人才。但她與監委陳慶財調查認為，東華大學內部的相關支領辦法是有問題的，因此要求他們修改。
王美玉表示，至於吳茂昆溢領176萬元金錢則必須繳回。而最後教育部也回函表示，吳茂昆已經繳回此筆款項。
至於吳茂昆是否適任教育部長，王美玉則說，沒有評論，因為這是行政院長的任命權，他們予以尊重。至於當初為何僅提調查報告，沒有提出彈劾，王美玉說，因為他當時表示，他沒有主觀的犯意，而且辦法也制訂了，也是台灣延攬回來的國際人才，而且他的成就也是有目共睹；至於溢領的爭議行為，委員會討論認為是東華大學的相關規定不夠嚴謹，因此，要求他們必須予以修正。
