根據大馬與新加坡簽署的1962年水供協議，水價可以檢討並修改。
協議條款闡明，在協議簽訂之日起25年後可進行檢討。檢討考慮因素包括購買力、勞動力成本、電力和材料的價格變動。對此的任何爭議均可提交仲裁。
根據“當今大馬”進行的資料整合，新加坡在2002年8月曾辯稱，由於大馬沒有在1987年，即合約簽署的25年後尋求檢討水價，新加坡認為大馬已失去檢討水價的權利。
但是，該協議條款並未明確說明在25年之後何時進行檢討，這意味著只要合約仍有效，大馬可以在簽約日計起的25年後，於任何時間要求檢討水價。換句話說，大馬可在2061年協議失效之前的任何時候要求檢討水價。
至於兩國在1990年簽署的附加水供協議，沒有具體的檢討條款，但理論上可通過柔佛土地租金的變動，尋求檢討水價。
1999年，新加坡希望在1962年協議下，新加坡在柔佛河流的取水量從每天3億5000萬加侖提高到7億5000萬加侖，但遭大馬拒絕。新加坡隨後建議將原水價格提高到每1000加侖45仙，但時任首相敦馬哈迪認為價格應該是每1000加侖60仙，並且需要每5年檢討一次。
此後，兩國談判停滯不前，後來升級至媒體宣傳，雙方指責對方不合理。直至馬哈迪在2003年卸任首相後，緊張局勢才告一段落。
馬新曾簽署4項協議
柔佛州和新加坡政府之間就供水問題簽署了4項協議，分別是在1927年、1961年、1962年和1990年簽署的。其中1962年和1990年協議仍然有效。
根據1962年的柔佛河流水供協議，是一項為期99年的協議，於2061年到期。此協議允許新加坡以每1000加侖3仙的價格，每天從柔佛河流提取2億5000萬加侖（11億4000萬公升）原水。
截至去年6月，新加坡的用水需求量為每天4億3000萬加侖，這顯示新加坡從柔佛提取的水源，只足夠供應新加坡的60%用水需求量。
在協議下，柔佛有權獲得新加坡淨化後食水的2%，以每1000加倫50仙價格供應給柔佛。實際上，新加坡供應給柔佛的食水量，是協議義務的數倍。
另一項協議是1990年簽署的“柔佛州政府與新加坡公用事業局之間的協議”，並被視為1962年協議的附加協議，同時2061年到期。
此附加協議允許新加坡自費在柔佛林桂河（Sungai Linggiu）建造和運營水壩和水處理廠。
設施擁有權歸柔佛，協議期滿之前，新加坡擁有營運權；直至協議期滿，新加坡必須把設施移交給柔佛。
根據協議 新國須支付3億2000令吉予柔佛
在1962年水供協議下，新加坡政府每年需支付約4億6000萬令吉的土地租金和溢價予柔佛。
因為，為了確保柔佛河流水源足夠供應給新加坡，柔佛州需要保留2萬1600公頃的森林保護區。
在協議下，新加坡需支付3億2000令吉賠償金予柔佛。
此外，新加坡每年還需支付每公頃1萬8000令吉的土地溢價予柔佛，總額3億8880萬令吉；同時也需每年支付每1000平方尺30令吉的土地租金，總額7000萬令吉。
水供爭議始於敦馬任相時期
柔佛與新加坡之間的水供爭端始於1990年代末至2000年代初，那時正是敦馬哈迪擔任首相時期。
馬新水供爭議後，新加坡已意識到必須減少依賴柔佛水供。
從那時起，新加坡決定減少對大馬的依賴，積極擴大新加坡境內的集水區，轉而進行水回收和海水淡化，以補充該國的日常供應。
新加坡負責水供管理的公用事業局聲稱，其新生廢水回收工廠，到2060年能夠滿足新加坡55%的用水需求，而海水淡化廠將滿足另外30%的需求。
