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馬英九被認定主導三中交易涉賤賣黨產，連現任國民黨主席吳敦義在2008年擔任祕書長時，也曾質疑中影交易案有問題，當時他曾上簽給黨主席吳伯雄，直言「這就是銀未入手，而貨已失控的情況」，甚至提到回算機制時，還說「3年內必將遭各種魔考」如今看來，吳敦義一語成讖，馬英九接受考驗之路才正開始。
2006年5月，中影交易案在買方僅付簽約金1.5億元的狀況下，中投公司就讓蔡正元和莊琬均分任中影正副董事長，過了2年，莊琬均再付第1及第2期款共10.5億元，其中6億是挪用中影公司資金，中投即把82%股權全數過戶給阿波羅公司。
由於中影公司後來減資7.6億元，買方取得約5.8億元減資利益，各界對於中影交易案也質疑賤賣，損及國民黨權益。
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馬英九決定回饋前中時集團老闆余建新四．八億元，涉及賤賣黨產，遭台北地檢署依背信罪起訴。
檢方查出，中影案出售時僅對中影文化城、新世界大樓、台北市梅花戲院及屏東光華戲院等四處不動產鑑價，其他包括八德大樓及多處不動產卻未重新估算市價，最後還一併包裹出售。
中影公司股權每股65元遭嚴重低估，尤其是未計入中影常年所拍攝的影片等無形資產價值，檢方估計中影的影片價值高達14億元。
此外，中影交易合約的分潤條款，規定三大不動產在3年內出售，價格若高於約定下限價格，買方應將溢價部分按約定比例支付給國民黨。不過，分潤條款未訂3年後買方非賣不可的期限，或是賣方得強制購回條款，郭台強入主中影後打死不賣，國民黨也沒轍，只能成了冤大頭。
