中央政府以特別預算治水已成常態，扁馬蔡執政時期，合計已編列高達逾四千三百餘億元預算治水，但目前南部縣市如高雄、嘉義仍是遇水就淹。審計部「中央政府流域綜合治理計畫第二期特別決算審核報告（一○五年度至一○六年度）」指出，雨水下水道、河川區排水管理及治理、農田排水等六大計畫，實現率未達八成。

扁政府時期，投入八年八百億元針對易淹水地區治水，後來追加至一千一百六十億；馬政府再加碼編列六年六百六十億元，用於流域綜合治理；蔡政府前瞻基礎建設再編列二千五百零七億元投入水環境建設。總計逾四千三百億元特別預算，而且多以舉債支應。

審計部指出，易淹水地區保護面積雖然已增加四百多平方公里，但整體預算執行率未如預期，雨水下水道、河川區域排水管理及治理、農田排水、設施區域及農田排水瓶頸改善、水產養殖排水、輔導設置農業產銷設施及分散產區等六項工作計畫，實現率未達八成，主因管線遷移及用地問題、天候及地理條件欠佳、變更設計或相關行政作業處理費時等。

對此內政部前部長李鴻源說，過去台灣的治水方向太迷信工程手段，錢全部砸在工程上，沒有從都市設計的角度來解決問題，且預算、計畫常和地方派系有牽扯。

李鴻源說，他曾對嘉義、雲林、東石屬地盤下陷區提出解決計畫，做法是政府與民眾各拿一半魚塭，政府取得後進行人工濕地兼滯洪池，再把滯洪池的土挖出來，將房子墊高，且輔導居民做觀光休閒旅遊，解決當地民眾生計，不要讓居民繼續抽地下水。此計畫經過四年努力，經建會終於拍板定案，然而嘉義縣政府堅持不做，導致嘉義到現在還在淹水。

水利署前署長陳伸賢說，特別預算編了就編了，但是需要新思維去檢討，不要只投入在工程，其他的治水概念，例如海綿城市，也要補強。他認為滯洪池設立並不是不好，但會面臨土地昂貴、土地取得不易的考驗。此外，滯洪池須於颱風豪雨來臨前抽乾才能發揮效果，而抽水站也不是每個地方都能蓋，新北市中永和地區人口密集度高就沒辦法，且碰上故障窘況時只能坐以待斃。

陳伸賢建議，應導入海綿城市的概念，由線的管理提升為面、立體的管理，達到「逕流分擔，出流管制」，一方面不妨礙原本設施功能，一方面可於洪水期間發揮滯洪功用，減少鄰近住宅或工廠等積淹水風險及損失。