由Yostar於日本推行營運、在台灣、中國各地都受到玩家歡迎的手機遊戲《碧藍航線》，在「ベルサール秋葉原」舉辦的一周年紀念活動上曝光了電視動畫企劃展開的消息。但在動畫開播之前，其衍生外傳漫畫「 Queen's Orders 」率先在月刊Comic REX上展開連載，由「槌居」擔任作畫。內容會描述因為指揮官倒下，秘書艦Queen Elizabeth和其夥伴們代為處理事務的短篇故事。

原作描述一個表面被71%的海水覆蓋著的藍色星球，人類在這片碧藍色之中出生、成長、孕育和發展屬於自己的文明。然而，伴隨著它們的，還有不斷膨脹的野心和慾望。表面風平浪靜的世界格局之下，歷史的暗流湧動。終於，未知的敵人在海洋中出現，面對敵方壓倒性的戰力，各個陣營卻仍然各自為戰，最終換來的結果是人類失去了90%以上的海域控制權，科技和生活水平急速倒退。人類對於海洋以及未知的敵人產生了深深的陰影，並且將那些將他們拖入深海黑暗之中的怪物們稱之為「 塞壬」。

數十年之後，各大陣營為了奪回曾經的輝煌，終於摒棄前嫌，聯合創建了第三方軍事組織「 碧藍航線」，其宗旨在於集結並共享來自世界各地的科技與資源，建造出能夠與「 塞壬」抗衡的新銳艦隊，奪回海域的控制權。在克服了許多難關之後，終於將「 塞壬」驅逐出了近海範圍。但好景不長，以強硬的軍事化為特點的陣營「 鐵血」突然宣布退出組織，並且與歷史對手「 皇家」發生了數次激烈戰鬥。在戰鬥中人們驚訝的發現，「 鐵血」的艦隊使用了來自「 塞壬」的黑科技，輕鬆的擊破了「 皇家」的精銳艦隊。這一切的背後究竟是有什麼不為人知的PY交易？究竟是來自人類的慾望，還是來自「 塞壬」的陰謀？殊不知，一個來自東方的神秘陣營亦正在醞釀著更大的風暴…