總統府前資政彭明敏今接受《蘋果新聞網》專訪首度透露，2016年9月6日蔡英文總統邀他入府會面，當時他向蔡當面提及前總統陳水扁的事情，若不儘速解決恐怕不好，但蔡回說「現在不可能解決」，並指現在她有好幾個戰場，若再處理扁案就要另開一個戰場，所以現在無法解決此事。
彭明敏指出，當天他和總統府前資政吳澧培、總統府國策顧問黃天麟共3人，受邀前往總統府跟蔡英文吃午餐，他說，蔡也沒有什麼特別目的，就是找他們去聊天，但在聊天過程，他建議說「陳水扁的事沒趕快解決不好，將來爆發很麻煩」，但蔡英文卻回「現在不可能解決。」彭明敏表示，同席的吳澧培問道，「為何什麼現在不可能？」蔡英文回說，現在她有好幾個戰場，若再處理陳水扁的事情就要另開一個戰場，現在她沒有辦法再開另一個戰場，所以現在無法解決此事。彭明敏說，行政院前院長賴清德的新書提到，要當行政院長之前也提到陳水扁的事情，蔡英文也表示會處理。彭說，陳水扁仍有案子在審判未結束，因此無法特赦，但現在要特赦的話，就要先修法律，未判決結束也可以特赦。彭明敏指出，現在要修法是很簡單的事，民進黨是多數，且民進黨方面有委請律師起草修改案，並交給立委，但現在這個修改案有沒有人提案或提完案就放在那裡，「假如蔡總統有意思要處理的話，這是很簡單的事，所以好像我們看起來蔡總統目前沒有意思要處理這件事情」。彭明敏也說，蔡英文也答應賴清德要處理，「但賴清德當行政院長一年多，蔡總統說要處理都沒有處理，這要了解到底是誰沒有意思要處理這個問題」。彭認為，他感覺是蔡總統沒有意思要處理。自從蔡英文上任後，赦扁議題是否為拒接總統府資政的原因？彭明敏說，「我不接資政的原因很多，我對蔡總統的各種作風不一定能認同，所以我做資政會很麻煩，意見不同就常說這個不行那個不行，這樣也沒意思。」至於對蔡英文的哪些作風不認同？彭明敏說，交通部前部長郭瑤琪最可以特赦的事情，大家都知道她是被冤枉，也被判決了，坐牢也坐幾年了，「但為何不特赦？」這個特赦不會有人反對，而且她現在因癌症也保外就醫，能夠做的不去做。彭明敏也批評，蔡英文做事情沒有能力、沒有魄力，司法改革也沒有做，轉型正義也根本沒有轉型正義，講了沒有做就是沒有用，「她到底是沒有能力做，還是沒有能力做，我不知道」、「她只有嘴巴講而已」。彭明敏還說，「她（蔡英文）的認知跟我們的認知不同」，她認為民調不高與批評是因為她改革太多、太快，所以大家趕不上去，才會民調不高，「但我認為是相反的，大家對她的不滿、民調低，是她沒有做改革，改革太慢，沒有魄力做改革，沒有全力做」。他說，「這是認知不同，很麻煩！」
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