針對促進轉型正義委員會向國家安全局調閱林宅血案、陳文成命案、美麗島事件等21筆政治檔案一事，總統府發言人黃重諺12日表示，實現轉型正義與守護國家安全都是總統蔡英文就任後重要的任務與承諾，蔡英文「非常關切」近日有關國安局檔案的解密爭議，已經指示總統府秘書長陳菊、國家安全會議秘書長李大維，隨即召集相關部門研議後續處理事宜。 黃重諺指出，在蔡英文指示下，國家安全局的上級機關國家安全會議將即依據《國家機密保護法》及《促進轉型正義條例》等法律規定，督導國家安全局逐案重新檢視檔案的機密等級與保密期限，在兼顧轉型正義及國家安全的前提下，經過近四十年時空環境變遷後能夠解密的檔案，將依法予以適當處理。 黃重諺強調，作為民主法治及落實轉型正義的國家，把該還原的真相逐一釐清，是政府應負的責任。
陳菊晚間也在臉書發文，她表示，蔡英文指示她和國安會李秘書長就政治檔案解密召開會議，要求國安單位重新檢視機密等級，以還原歷史真相，她指出，「林宅血案、陳文成命案、美麗島事件、台大哲學系事件等重大政治案件檔案，因為涉及國家機密一直無法公開。但是，在數十年的時空變遷之後，我們必須面對過去的傷痛，追求公義，把真相還給人民。」
陳菊說，自己身為四十年前美麗島事件的當事人，深刻體會白色恐怖、政治迫害給受難者和家屬所造成的傷痛。「真相不一定可以水落石出，但我們對真相的堅持，是對整個體制的深切反省，更是為了撫平傷痛，讓台灣可以繼續向前走。」
陳菊強調，「轉型正義的工程正在進行，一定會堅持探尋真相的勇氣，請國安單位逐案檢視相關檔案，適時註銷或解除機密等級，以釐清、重建歷史細節，這樣，台灣民主才能深化，社會才能真正和解重生。」
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