總統府針對私菸走私事件對侍衛室三名將領發布懲處，民進黨藉立法院外交及國防委員會召委蔡適應表示，根據國安局特勤中心的說法，此案是總統府侍衛室的「團購案」，而遭到收押的侍衛官吳宗憲實際上已非國安局編制內人員。
此案東窗事發後，蔡總統隨即批准國安局長彭勝竹請辭，企圖控管危機停損點，但此舉讓外界出現此案為「國安局走私案」刻板印象；情治圈傳有說帖，指這次私煙走私事件，主責者是總統府侍衛室，並非國安局。
蔡適應證實，私菸案爆發後，他即要求國安局與特勤中心高層向立法院說明案情。他轉述，國安局認為，在整個總統出訪任務中，國安局僅在出訪團中派遣通訊官，並在出訪據點架設資通設備，其餘專機或機邊的安全維護、人員管理任務，全由總統府侍衛室主導。
根據特種勤務條例第8條「指揮權責及特種勤務事項之執行」，特種勤務任務編組由國家安全局局長任指揮官，特勤中心副指揮官為副指揮官，襄助指揮全般特勤工作之執行，「總統府侍衛長兼任副指揮官」，專責執行有關總統與其配偶及家屬之特種勤務事項。特勤中心執行長兼任特種勤務任務編組執行長，承指揮官之命，襄助副指揮官，執行特種勤務。
國安局表示，特勤中心副指揮官有兩位，一位是大直特勤中心的副指揮官周廣齊，他是督導特勤任務執行的主官；另一位副指揮官是由總統府侍衛長張捷兼任，他才是主責執行正副總統侍衛與出訪維安工作的實際負責人。
國安局向蔡適應說明表示，總統府侍衛室需要人手，由特勤中心調派，涉案在押在少校侍衛官吳宗憲，去年2月才自特勤中心調任侍衛室，即歸總統府侍衛室管轄，國安局特勤中心沒有管理權責。當時侍衛室甚至沒有人事缺額，是讓吳宗憲占著特勤中心的缺派任侍衛室，但實際上已非國安局編制內人員。
蔡適應還發現，特勤中心被調去侍衛室的人員，即無法定時進行測謊的忠誠查核，特勤中心對此以人員歸總統府管制、「不好意思」查核作為理由。
國安局認為，總統府侍衛室的成員，部分是從特勤中心調來，部分是來自警政署及憲兵單位。侍衛室成員中，來自國安局特勤中心者，才是隸屬國安局，但調到侍衛室後，就歸總統府侍衛室管轄。此次私菸走私案，是由少校侍衛官吳宗憲負責執行私菸團購事宜。蔡適應轉述國安局說法表示，這次事件是總統府侍衛室侍衛官出事，全案「就是總統府侍衛室的『團購案』」。
國安局認為，少校侍衛官吳宗憲來自軍中，已非國安局編制內人員，此案卻被誤導為「國安局走私案」，與事實大有出入。蔡適應也認為，特勤工作多頭馬車，事權不統一，向為內行人所詬病，呼籲必須修法調整體制。
