國內居家檢疫的人數越來越多，但先前規劃針對澎湖、金馬的離島民眾，從國外返台後後還可搭乘國內線班機返回離島居家檢疫，恐怕引發同機乘客感染疑慮，經過地方政府與指揮中心協商，自即日起返國離島民眾，先在台灣居家檢疫14天。
根據指揮中心原本規定，離島縣市因地理位置關係，可再搭乘指定的航班、船，可是因飛機、船舶都是密閉式空間，加上近日台灣大量增加境外移入個案，且大都由歐美國家返國，加上飛機恐有內感染風險，引發同機旅客及民眾疑慮。
澎湖爭取離島民眾自國外返國，先在台灣居家檢疫14天後，再行搭機回離島。此方案也得到指揮中心同意，明訂禁止搭乘大眾運輸工具返回離島進行居家檢疫。
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但離島民眾若是在台北沒有地方居住該怎麼辦？因此設立相關配套方案：可自行填寫在台灣居家檢疫住所，或是請中央與縣府將協助媒合「防疫旅館」，如果都無法執行，將開放「集中檢疫所」進行個案協助。
由於目前僅剩花東地區、離島地區仍是零確診，原本外界憂心一旦確診者在離島出現，以現有的醫療設備恐怕無法負荷。
