教育部以台大校長遴選有瑕疵為由，駁回台大準校長管中閔的聘任案，引發外界譁然，紛紛抨擊違背「大學自主」精神。台大校長遴選委員袁孝維更諷刺「恭喜政府做到蔣介石一生都不敢對胡適與傅斯年做的事情」。親綠網友甚至表示，「馬英九亂搞，都還知道要努力看起來照程序走，但這次拔管，完全汙衊校園自主的精神」。
教育部堅持「拔管」引爆爭議，教育部長吳茂昆今出席公開場合時，被問到校長遴選就是要民主時，吳茂昆直言，學術沒有真正的民主，而遴選是大學自治。
吳茂昆今天出席教育部新南向教育展前接受媒體訪表示，吳茂昆強調，教育部從沒有干預大學自主，這次是遴選，不是選舉，請大家去了解一下遴選的定義，遴選就是希望遴選委員找出最好的人，領導最高學府，這有很多標準要被檢視，但從很多跡象和事證顯示，這部分並沒有做得很完備，違背遴選委員自訂的規則裡很重要的學術誠信問題。
另外，媒體反問吳茂昆，「遴選就是要民主對不對？」吳茂昆則回，「學術沒有真正的民主」，遴選是大學自治。
由於教育部要求台大重啟校長遴選程序，但之前的校長候選人、中研院前副院長王汎森已表態不參選，清華大學前校長吳文誠也傾向不選，對此，吳茂昆說，這顯示台大這次遴選有問題，所以大家不願再參選，大家如果仔細去看吳文誠的聲明，裡面就有說目前的遴選規定是不完美的遊戲規則，而王汎森根本是覺得很失望，所以不選。
另外，針對台北市長柯文哲昨天痛批「是哪個白痴做得決定」，吳茂昆則回應，他（柯文哲）不了解事情的內容。
網友在批踢踢論壇先是表示，知道他ID稱號的人大概都曉得他長期言論偏綠，然而這次「拔管案」，他認為「民進黨再智障應該沒這麼智障，沒想到就是這麼智障」，民進黨真的「只適合地方執政，不適合中央執政」。
只見底下網友也表示，「這件事就是朕沒給的，你不能拿」、「天啊，賴神少你這票了」、「dpp現在卡管做法跟共產黨有啥不同」。更有網友表示，「其實從辜寬敏對蔡說的那些話，到現在的拔管，民進黨的本質不是民主，更像宮廷極權」、「可以不要投KMT，但更不能讓DPP為所欲為下去」、「不能再讓DPP在立法院過半，真的有夠可怕」！
